فیلم ماجرای نیمروز پس از برکناری بنی صدر از مقام ریاست جمهوری در سال های نخست انقلاب روایت می شود که سازمان مجاهدین اقدام به عملیات تروریستی و ایجاد نا امنی در کشور نموده است در این میان پنج جوان حزب الهی در سازمان اطلاعات سپاه که هنوز به شکل تشکیلاتی پا نگرفته مشغول به کار هستند و به دنبال نابودی اعضای منافقین مسئول دفاع از مردم و انقلاب می شوند .